在联盟濒临崩溃之际，星渊族的使者终于露出真面目。他们通过全息投影展示了一个令人震惊的画面：在银河系的另一端，无数被收割的文明残骸漂浮在太空中。星渊族的发言人用机械合成音宣布：\"我们是宇宙的园丁，负责修剪那些无法通过筛选的文明。\"
原来，星渊族一直在银河系中寻找具有潜力的文明，通过提供技术援助加速其发展。当这些文明达到临界点时，星渊族会发动\"维度坍缩\"，将其转化为能量资源。联盟的能源革命、医疗技术、甚至内部斗争，都是星渊族精心设计的筛选程序。
在得知真相后，联盟的残余力量在中立文明\"希望星\"召开紧急会议。此时的联盟已分裂为三股势力：克罗诺斯领导的科技傀儡政权、雷加尔的抵抗军、以及艾瑞尔带领的科学家联盟。三方在星渊族的倒计时中展开了最后的合作。
艾瑞尔团队发现，星渊族的维度坍缩需要特定的能量共振频率。他们利用反物质反应堆的过载特性，设计了一个能够产生反向共振的装置。雷加尔的舰队则负责吸引星渊族主力，为科学家争取时间。克罗诺斯的科技部队在最后时刻倒戈，用星渊族的技术关闭了己方的防御系统。
在星渊族启动坍缩程序的瞬间，艾瑞尔按下了反向共振装置的启动键。整个银河系爆发出耀眼的光芒，维度折叠引发的时空涟漪吞噬了星渊族的舰队。当光芒消散时，所有与星渊族相关的技术都陷入瘫痪，他们留下的能量设施开始自我毁灭。
这场持续三年的危机终于结束，但联盟付出了惨痛代价。超过40%的星球化为废墟，人口锐减至战前的60%。克罗诺斯在战斗中失踪，雷加尔为保护艾瑞尔牺牲，而艾瑞尔本人因长期接触辐射陷入昏迷。
在联盟的废墟上，幸存者们开始了艰难的重建。中立文明提议建立\"宇宙联邦\"，取代原有的松散联盟结构。新的宪法规定：任何文明不得垄断核心科技，重大决策需经全体成员投票通过。
在\"希望星\"的医疗舱中，艾瑞尔在昏迷中生下了一个特殊的婴儿。这个孩子的基因图谱中融合了人类、星渊族以及未知文明的特征。当他睁开眼睛时，瞳孔中闪烁着宇宙星河的光芒。也许，这个孩子将成为连接不同文明的桥梁，带领联盟走向真正的星际大同。